La paroisse d'Owendo a été fondée le 9 avril 2023, lors de la consécration des Anciens choisis par le Seigneur.

Initialement, elle a commencé comme un incubateur de paroisse. Dans le cadre du fonctionnement de L'AGAPE, le Seigneur a inspiré la création d'un culte d'évangélisation au Centre Culturel pour l'Évangélisation (CCE). Cette initiative a conduit de nombreuses personnes à se tourner vers le Seigneur.

Pour accompagner ces nouveaux convertis dans leur croissance spirituelle, l'église a mis en place un incubateur de paroisse, offrant ainsi à ces nouveaux fidèles la possibilité de vivre une vie de paroisse. Cette vision a d'abord donné naissance à l'incubateur de Nzeng Ayong, qui est devenu par la suite la paroisse de Nzeng Ayong.

L'incubateur d'Owendo a été la deuxième expérience de ce type. Il a débuté au CCE le 9 juillet 2017 avec un groupe d'environ 40 personnes, sous la supervision des responsables suivants : ONDO MENDAME ONDO NDONG Ted Marcus Gabin, AGBO Komla et DOUMINGOU MOMBO Armel. Pendant la période de la COVID, il a été déplacé à Owendo, d'abord à la cité Setrag dans le domicile d'un compagnon d'oeuvre, puis à la SNI, où se réunit la cellule éponyme.

Cet incubateur s'est développé progressivement avec la consécration de ses premiers compagnons d'oeuvre, soit 6 personnes, le 15 septembre 2019. Deux cellules ont ensuite été créées : une à la SNI et une autre à Akournam 2, qui constituent aujourd'hui les deux cellules existantes de la paroisse. Une deuxième vague de compagnons d'oeuvre, composée de 3 personnes, a été consacrée le 16 février 2020.

Cet incubateur fonctionne sur la base d’un objectif : former les disciples.

Le 9 avril 2023, les Anciens ONDO MENDAME ONDO NDONG Ted Marcus Gabin et DOUMINGOU MOMBO Armel ont été consacrés, tandis que le frère AGBO Komla avait été appelé par le Seigneur à Le servir au Togo.

La paroisse d'Owendo a célébré ses premiers baptêmes le 22 janvier 2022. Ce baptême était particulier car il concernait plusieurs adolescents que Dieu avait préalablement remplis du Saint-Esprit. Ce fut également l'occasion d'inaugurer le nouveau lieu de culte de la paroisse à Akournam 2. La deuxième séance de baptêmes organisée au sein de la paroisse a eu lieu le 18 mai 2025, avec 8 personnes.

Aujourd'hui, la paroisse d'Owendo compte en moyenne 100 membres, dont 30 compagnons d'oeuvre.